Thunderbolts, ölümcül bir tuzağa düşen bir grup anti-kahramanın hikayesini konu ediyor. Yelena Belova, Bucky Barnes, Red Guardian, Ghost, Taskmaster ve John Walker, Valentina Allegra de Fontaine'in kurduğu bir ölüm tuzağına yakalanırlar ve umutsuz yabancılar riskli bir görev üstlenmek zorunda kalırlar. Bu onları yalnızca tehlikeli yerlere değil, aynı zamanda kendi geçmişlerinin karanlık sayfalarına da sürükler. Güvensizlik, iç çatışmalar ve eski yaraların ortasında soru hala ortada durur: İşlevsiz grup birbirini yok mu edecek yoksa zaman dolmadan kendilerinin ötesine geçip birlikte daha büyük bir şey yaratmayı başarabilecekler midir?